蒸发式冷凝器的系统长期使用，水分蒸发，导致冷凝器水分含量增加，微生物繁殖等，都会使蒸发式冷凝器表面结垢增多。隔水性和蒸发性冷凝器杂质增加，冷却效率降低，设备腐蚀，寿命缩短。
1.蒸发式冷凝器结构对散热的影响。
(1)降低换热效率:冷凝器主要通过冷却盘管向外传热。没有水垢，传热可以直接与空气和水交换。如果结垢严重，热量也会通过结垢传递给空气和水。水垢传热效率低，一定时间内不降温，影响工业生产。
(2)水垢污染:冷却盘管长期受水垢污染，不仅影响散热，还会腐蚀不锈钢管或铜管。研究发现，有水垢时，腐蚀率是无水垢的两倍。
(3)外壳微生物污染:微生物多次分裂生长，会逐渐覆盖蒸发冷凝器的内壁。储罐内壁的微生物会加剧凝结状态，不仅难以清洗，还会产生弱酸性物质对外壳的腐蚀。研究表明，蒸发电容器的使用寿命只有5年。
(1)去除水垢:水垢主要覆盖在冷却盘管表面。内循环水是硬水，内壁也可以形成水垢。清洗时尽量用稀盐酸中和。稀盐酸和水垢中的钙会中和。如果水垢较厚，可以用高浓度盐酸清洗。
(2)生物泥浆:蒸发式冷凝器中，温度越高，微生物生长越快，数量越多，繁殖越快。清洗时充分喷洒药物，否则容易再生。
